表題の話は、一人会社や家族・友人同士で経営している会社のケースとなります。
また、年間の支払金額が数十万程度の場合となります。

起業された方の多くは、法人クレジットカードを作り、物品購入のときにそのカードでの支払いをされていると思います。
確かに、明細が一まとめになるので、経理処理としては楽になりますが、会社＋個人のトータルで少しでも得をしようとすると、会社の物品購入は個人のクレジットカードで行い、会計処理としては立て替えての現金払いとするのが良いです。

まず、法人カードで購入した場合、例えば5000円の消耗品扱いの物品を購入したときの仕訳は、

借方　/　貸方
消耗品費　5000円 /　未払金 5000円

となります。
もちろん、5000円は損金扱いです。
ただ、購入時に付与されるポイントを使う場合、会社の利益となってしまい、損金になりません。
例えば、コツコツと貯まった10000ポイントで何か購入した場合は、

借方　/　貸方
消耗品費　10000円 /　雑収入 10000円

という仕訳になり、10000円の利益となります。

しかし、個人のクレジットカードで立て替えて支払いをした場合ですが、まず5000円の消耗品扱いの物品を購入したときの仕訳は、

借方　/　貸方
消耗品費　5000円 /　現金 5000円

となりまして、立て替えた個人に対し会社から5000円を渡すことになります。
そして、付与されたポイントですが、個人の収入となり、通常は課税されるほどにはならないでしょう。
楽天で10倍ポイントサービスのときなどに狙い撃ちすれば、よりお得ですよね。

ちょっとセコいやり方ではありますが、少しでも節約して得したい場合は、個人のクレジットカード払いでの立て替えが良いと思います。
もし、利益率5％の会社で10000ポイントが利益ではなくなった場合、50万円の売上を上げることに匹敵しますよね。
しかも、個人としては丸々10000円の収入となるわけで、なかなかバカにならない金額になってくると思います。

ただし、注意点としては、年間で何百万や何千万にもなってくる支払いの場合は、カード会社から個人の換金目的という指摘を受けてカードの利用停止になるケースもあるようですので、その場合は法人カードで支払うようにした方が良いでしょう。