EC-CUBEでは、通常は商品の登録や削除を行うと自動的に各カテゴリの商品数を格納したテーブル dtb_category_count と dtb_category_total_count が更新され、整合性が取れた状態が保たれます。
ただ、手動でテーブルのデータをいじっていたり、プログラムのカスタマイズを行っていたり、サーバ移管を行ったりしたときに、実際に登録されている商品数との整合性が取れなくなることがあります。
そのようなときに dtb_category_count と dtb_category_total_count の商品数を再集計するには、次のようなPHPファイルを require.php があるディレクトリに作成し、実行することで処理できます。

いろいろとカスタマイズしていて整合性に不安のある方は、バッチで定期的に処理するようにしておくと安心かもしれません。