弊社では、弥生会計で帳簿をつけ、税理士さんには頼まずに決算書の作成や法人税の確定申告を行っています。
6月末で2期目が終わったのですが、そのときの処理で悩んだことについてネットで調べてもなかなか出てこなかったので、参考のため書いておきます。

例えば、1期目の損益が弥生会計ではマイナス45万円となっていたとして、確定申告で交際費などの損金不算入処理をすると、欠損金額と繰越損益はマイナス42万円というようにマイナス幅が縮小します。
ところが、弥生会計で作成した決算書ではそのあたりの補正はなく、純損失と繰越利益剰余金はマイナス45万円、また2期目への繰越損益もマイナス45万円で繰り越されます。

次に、2期目において弥生会計での当期損益がプラス45万円となった場合、弥生会計では1期目の繰越損益はマイナス45万円での計算となるので、決算書での純損失と繰越利益剰余金はゼロとなります。
ところが、確定申告では1期目の繰越損益はマイナス42万円で計算をすることになるので、かつ損金不算入処理などをすると、所得金額としてプラス6万円というようなことが発生し、弥生会計では税金なしと思っていたら、払わないといけいないという事態が起こります。

そのあたりは、「法人税上の処理と会計処理の計算は異なる」ということで起こるようですが、弥生会計など主な会計ソフトでは補正する機能はないようです。
決算書の損益と確定申告での損益が違っていて問題ないのかなどの疑問があると思いますが、対処としては次のとおりとなります。

• 決算書で確定申告の損益とズレていることについては、特に修正の必要はないようです。ですので、ズレたまま毎年の決算書を弥生会計などで作成し続けても問題ありません。
• 弥生会計などで、期末に損益シミュレーションをしたときに実際の課税所得と異なるという点については、別途自分でExcelなどで補正するか、だいたいの増減を見込んでおくしかないようです。ですので、トントンとなっていても、さらに前倒しできる経費を計上しておいた方がいいでしょう。

イマイチすっきりしませんが、そんなものとして対処するしかありません。
ですので、会計ソフトだけでなく、Excelなどで確定申告での損益などは付けておいた方が良いかと思います。